A procissão tem início pelas 15h30 com a saída do Guião, seguindo-se a saída da Imagem do Senhor Santo Cristo dos Milagres que, pelas 16h30, à qual se junta o repicar dos sinos da Igreja e o estalar dos foguetes. Ao longo de mais de cinco horas de procissão, a Imagem do Senhor Santo Cristo dos Milagres percorre um caminho que tem início no Convento e Igreja de Nossa Senhora da Esperança, passa pelo Convento e Igreja de São José e segue até ao Convento e Igreja de Nossa Senhora da Graça. Daí segue para o Convento e Igreja de São João, onde é atualmente o Teatro Micaelense, passando depois pelo Convento e Igreja de Santo André e pelo Colégio e Igreja dos Jesuítas. A procissão continua pelo Convento e Igreja de Nossa Senhora da Conceição, sendo que em seguida regressa ao Convento e Igreja de Nossa Senhora da Esperança.
Durante todo este percurso, a Imagem do Senhor Santo Cristo dos Milagres é devotamente acompanhada por milhares de fiéis que, integrando a procissão ou assistindo pelas ruas, prestam a sua homenagem a Ecce Homo.
