A nova agência deverá começar a funcional no verão de 2012 com sede em Tallin (Estónia) e o servidor informático central localizado em Estrasburgo (França).

A instituição irá assegurar a gestão operacional do Sistema de Informação de Schengen, do Sistema de Informação de Vistos (VIS), de uma base de dados com impressões digitais de requerentes de asilo (Eurodac) e de outros sistemas no espaço Schengen.

Uma das normas negociadas por Carlos Coelho proíbe explicitamente a interoperabilidade entre os diversos sistemas – ou seja, com esta agência a UE não irá centralizar os dados numa base de dados única.

"A base tecnológica é comum, mas não haverá nenhuma ligação entre os diferentes sistemas, o que está claramente proibido na lei e será fiscalizado pelas autoridades de proteção de dados independentes", explicou o eurodeputado.

A nova agência terá de assegurar uma “comunicação segura e rápida permanente” (24 horas por dia, 365 dias por ano) entre os serviços centrais e todos os Estados-Membros que integram os diversos sistemas.

O Sistema de Informação de Schengen visa contribuir para manter um alto nível de segurança no Espaço de Liberdade, Segurança e Justiça da UE, assegurando a partilha de informações entre as autoridades que controlam as fronteiras externas da União.

O VIS permite aos consulados e outras autoridades competentes partilhar informações essenciais ao procedimento de emissão de vistos, prevenir o "visa-shopping", contribuir para a luta contra a fraude e facilitar a identificação de cidadãos de países terceiros.

O Eurodac é um sistema que facilita a determinação das autoridades responsáveis pelo processamento dos pedidos de asilo nos Estados-Membros da UE.