O inquérito ao caso está, desde setembro de 2008, a cargo de dois procuradores do Departamento Central de Investigação e Ação Penal (DCIAP) depois de ter estado durante anos no Tribunal do Montijo.

O caso surgiu depois de a Polícia Judiciária (PJ) de Setúbal ter recebido um carta anónima, que mais tarde se soube ser de Zeferino Boal, então deputado municipal do CDS/PP em Alcochete, denunciando irregularidades no licenciamento do “outlet” e o alegado envolvimento de José Sócrates, ex-ministro do Ambiente, no processo.

Entre os arguidos estão os empresários Charles Smith e Manuel Pedro, João Cabral, funcionário da empresa Smith&Pedro, o arquiteto Capinha Lopes, o antigo presidente do Instituto de Conservação da Natureza Carlos Guerra e o então vice-presidente deste organismo José Manuel Marques e o ex-autarca de Alcochete José Dias Inocêncio.

O processo Freeport teve na sua origem suspeitas de corrupção e tráfico de influências na alteração à Zona de Proteção Especial do Estuário do Tejo e licenciamento do espaço comercial em Alcochete quando era ministro do Ambiente José Sócrates, atual primeiro ministro.