Musharraf garantiu que a decisão se destina a evitar uma batalha de destituição que prejudicaria os interesses da Nação.
"Depois de avaliar a situação e de consultar diversos conselheiros em Direito e aliados políticos, decidi demitir-me", afirmou o chefe de Estado no discurso transmitido pela televisão.
O presidente adiantou que parte com a consciência de que tudo o que fez "foi para o bem do país".
Musharraf acusou o governo de ter lançado "falsas" acusações para exigir a sua destituição e garantiu ter trabalhado "de completa boa fé" face aos desafios do país, nomeadamente o crescente islamismo e as dificuldades económicas.
"Infelizmente, certas pessoas que têm interesses pessoais lançaram falsas acusações contra mim e enganaram o povo", afirmou.
"Coloco o meu futuro nas mãos do povo", afirmou no final do discurso, durante o qual defendeu o balanço da sua passagem pelo poder e acusou a coligação governamental de minar os fundamentos do Paquistão, única potência nuclear militar declarada do mundo muçulmano.
Pervez Musharraf assumiu o poder a 12 de Outubro de 1999 na sequência de um golpe de Estado militar, tornando o país num aliado estratégico dos Estados Unidos, apoiando o combate ao terrorismo.
Mas a sua popularidade no Paquistão decresceu ao longo dos anos.
Muitos paquistaneses ligam a violência crescente no país à aliança de Musharraf com os Estados Unidos.
A reputação de Pervez Musharraf sofreu um duro golpe em 2007 quando demitiu dezenas de juízes e impôs o estado de emergência.
Os seus rivais venceram as eleições parlamentares de Fevereiro e, desde então, exigem a sua demissão.
O governo paquistanês anunciou domingo que está já concluído o documento com as acusações contra o Presidente, que deverá discursar perante o Parlamento esta semana.
Vários membros do governo afirmaram, na semana passada, que as acusações se centram em violações da Constituição por parte do Presidente e na sua má gestão da economia.