O atleta anunciou o fim da carreira como jogador, em conferência de imprensa que decorreu na sede do Sindicato de Jogadores Profissionais de Futebol (SJPF), em Lisboa.
João Vieira Pinto cumpriu em 2007/2008 a última época como profissional ao serviço do Sporting de Braga e não voltou a pisar um relvado em jogos oficiais desde Fevereiro passado, mês em que rescindiu contrato com os "arsenalistas".
Foi ao serviço das selecções mais jovens que obteve os seus primeiros grandes sucessos, ao conquistar dois títulos Mundiais (em 1989, em Riade, e em 1991, em Lisboa), que o projectariam também no estrangeiro.
Após dois anos no Boavista (entre 1988 e 1990), João Pinto tentou iniciar uma carreira em Espanha, ingressando no Atlético de Madrid, mas a experiência correu mal, tendo alinhado apenas na equipa B, pelo que regressou a Portugal um ano mais tarde sem ter realizado qualquer jogo com a formação principal.
O Boavista, então presidido por Valentim Loureiro, seu grande mentor, foi o clube que reafirmou a aposta nele e em 1991/92 voltou a demonstrar as qualidades que o tinham feito destacar-se ao serviço das selecções jovens, dirigidas por Carlos Queiroz, vencendo inclusivamente uma Taça de Portugal.
As prestações do jogador despertaram o interesse de outros clubes e, em 1992, João Vieira Pinto assinou contrato com o Benfica, clube com o qual se sagraria campeão em 1993/94 e ao serviço do qual se tornaram célebres as suas trocas de agressões com o portista Paulinho Santos.
Nesta última época realizou aquele que para muitos é o melhor jogo da sua carreira, diante do rival Sporting, ao ajudar a equipa a vencer com o célebre resultado de 6-3, fazendo um "hat-trick". Em 1995 foi "promovido" a capitão da equipa da Luz.
A carreira na Luz prolongou-se até 2000, ano em que o então presidente João Vale e Azevedo decidiu dispensá-lo, deixando-o sem clube antes do campeonato da Europa da Holanda e Bélgica, no qual Portugal atingiu as meias-finais, com uma equipa em que João Pinto tinha a seu lado nomes com Luís Figo e Rui Costa.
João Pinto optou por ingresar no Sporting, onde se sagrou campeão em 2001/02, voltando às grandes exibições, mas nesse Verão a sua carreira na selecção chegou ao fim, depois de agredir um árbitro num encontro do Mundial da Coreia do Sul e Japão.
Finalizado o seu contrato com o Sporting, em 2004, João Pinto regressou ao Boavista, onde permaneceu até 2006, assinando então pelo Sporting de Braga, clube no qual se manteve até ao final da época transacta.