De acordo com o executivo regional, Fontes e Sousa é é atualmente médico de Medicina Geral e Familiar na Unidade de Saúde de Ilha de São Miguel.

João Carlos Fontes e Sousa foi Presidente do Conselho de Administração do Centro de Saúde de Ponta Delgada, entre 2004 e 2012.

Na vertente académica, acumula as funções de professor convidado na Universidade dos Açores, no âmbito do Ciclo Básico do Curso de Medicina, desde 2004.

Até 2013, João Carlos Sousa foi secretário da Direção Regional dos Açores da Associação Portuguesa dos Médicos de Clínica Geral e, atualmente, é Coordenador Local do Programa Regional de Prevenção e Controlo da Diabetes Mellitus, do Centro de Saúde de Ponta Delgada.

O novo Diretor Clínico do Centro de Saúde de Ponta Delgada iniciará funções a 1 de setembro, substituindo no cargo Paulo Margato, que, a seu pedido, deixará de exercer funções a 31 de agosto.