Os dois comboios colidiram às primeiras horas da madrugada (hora local) na estação de Petarukan Pemalang, em Java, e as autoridades atribuem o ocorrido a um possível erro na gestão do tráfego, indicou um porta-voz da polícia nacional.
"Trinta e seis pessoas morreram e mais de 30 estão feridas com gravidade", segundo o mesmo porta-voz.
Um anterior balanço divulgado pelo Ministério dos Transportes dava conta de 43 vítimas mortais.
Uma equipa de investigadores foi enviada de Jacarta para conduzir um inquérito sobre o ocorrido.
"Todas as vítimas foram retiradas dos vagões e transportadas para o hospital", declarou um porta-voz do Ministério dos Transportes, Bambang Ervan.
Os 'media' locais noticiaram que os serviços de socorros chegaram tardiamente e não tinham equipamentos para resgatar as vítimas das carruagens.
Num dos comboios, proveniente de Jacarta, seguiam 336 pessoas e no outro, que estava parado na estação, estavam mais de 600 passageiros.
Os acidentes de transportes são frequentes na Indonésia devido a más infra-estruturas, a excesso de passageiros a falta de fiscalização.