Nuno Crato disse, em declarações à agência Lusa, que a avaliação, contestada por 128 de 322 submetidas a financiamento, está a decorrer de acordo com as regras estipuladas nos regulamentos tornados públicos, e que, ressalvou, preveem correções nas avaliações, sempre que se justificarem.

O titular da pasta da ciência adiantou que o Governo tem disponível, para o próximo ano, um programa de incentivos - Incentivo 2015 - no valor de seis milhões de euros para que as unidades de investigação, que ficaram sem fundos na totalidade ou de forma significativa, mas com "potencial histórico e elevada qualidade", se possam restruturar e melhorar a sua nota na próxima avaliação, em 2017.

Segundo o ministro, a avaliação em curso segue "as melhores práticas internacionais", não define quotas de aprovação de instituições - "não há quotas estabelecidas" - e reflete os resultados da avaliação de 2007, estando a cargo de uma entidade externa - a Fundação Europeia para a Ciência - "acima de toda a suspeita e com experiência de 40 anos".

Às críticas de que o Governo, e o seu ministério em particular, estão "a aniquilar" a ciência em Portugal, respondeu que, apesar das "grandes dificuldades" financeiras, houve "mais dinheiro na ciência portuguesa".

Invocando irregularidades na avaliação - como a falta de visitas às unidades e de avaliadores com conhecimentos das áreas científicas a analisar e a definição de uma "quota" de quase 50 por cento de centros a passarem para a segunda fase, que lhes daria a possibilidade de obterem o grosso das verbas, sem teto máximo fixado - instituições, e também o Bloco de Esquerda e o reitor da Universidade de Lisboa, pediram a suspensão do processo.

Nuno Crato entende que se trata de "comentários que não são totalmente neutros", de pessoas e unidades que sentem que "a avaliação não lhes fez justiça".