A maioria dos apoios considerados irregulares pelo Tribunal de Contas destinava-se à realização de Jornadas, Encontros e Conferências (num conjunto de eventos organizados essencialmente pelas próprias unidades de saúde  ou outras instituições públicas) e também a várias IPSS que desenvolvem programas ligados à promoção de hábitos de vida saudável, ao tratamento da toxicodependência e à prevenção da violência doméstica/promoção da igualdade de género.

No capítulo 40 do Plano, o único no qual o Governo apresentou execução, o investimento previsto era de 10,5 milhões de euros. No entanto, várias reprogramações, condicionadas pelo que já vinha de anos anteriores, levaram a que se executasse apenas 4,4 milhões de euros de investimento na Saúde em 2007, ou seja, 42 por cento do previsto inicialmente no Plano.