No julgamento nos Juízos Criminais de Lisboa, iniciado a 15 de janeiro deste ano, estavam em causa factos alegadamente difamatórios verificados antes das eleições para a Presidência da República, em janeiro de 2011, em que Manuel Alegre foi candidato a Belém. Nessa altura, "O Diabo", dirigido José Rebordão Esteves Pinto, publicou um artigo do jornalista Miguel Teixeira em que sugeria que "o desertor [Manuel Alegre] queria ser chefe das Forças Armadas". Posteriormente, e igualmente antes das eleições presidenciais, o tenente-coronel piloto-aviador Brandão Ferreira escreveu textos nos blogues "Ação Monárquica" e "Novo Adamastor", dizendo que Alegre, "quando foi para Argel, não se limitou a combater o regime (...), mas a ajudar objetivamente as forças políticas que emboscavam as tropas" portuguesas. Manuel Alegre entendeu que o autor do texto lhe estava a imputar o crime de traição à pátria, considerando, como se pode ler na acusação, que este oficial da Força Aérea tinha "obrigação de conhecer a falsidade dos factos que lhe imputou". Na primeira sessão do julgamento, Manuel Alegre desistiu do processo e do pedido cível de 75 mil euros, ao major general Fernando Paula Vicente, depois de ter aceitado as explicações do militar. Manuel Alegre renunciou também à queixa contra um dos dois jornalistas do semanário "O Diabo", que apresentou desculpas. O tenente-coronel Brandão Ferreira reiterou em tribunal a tese que Alegre cometeu, aos microfones da rádio Voz da Liberdade, em Argel, um crime de traição à pátria, ao incitar os militares portugueses a desertar, ao conviver com os líderes dos movimentos de libertação de Angola, Moçambique e Guiné, e ao ajudar a emboscar as tropas portuguesas que combatiam no Ultramar. "Passou-se para o lado do inimigo e isso configura um ato de traição", justificou o militar da Força Aérea já reformado, no tribunal, acrescentando que Manuel Alegre participou na "guerra psicológica" contra as tropas portuguesas, na altura feita através da rádio. Nas alegações finais, o magistrado do Ministério Público pediu a condenação do militar e do diretor de "O Diabo".